2016年5月4日，深圳市新一期政府公报公布了《深圳市新能源公交车示范推广期运营补贴办法》(下称《办法》)，规定深圳新能源公交车运营补贴每年每辆26万元、45万元不等，2016年起投入的新能源公交车运营补贴标准根据企业实际支付购车价适当退坡。
新能源公交运营补贴标准
2013年6月1日之前投入运营的以融资租赁方式购置的新能源公交车，运营补贴标准为26万元/辆/年;
2013年6月1日(含6月1日)至2015年12月31日投入运营的补贴标准为45万元/辆/年;
2016年1月1日之后投入运营的新能源公交车补贴标准根据企业实际支付购车价适当退坡，补贴退坡额度为新投放的新能源公交车购车价在2015年基础上(2015年单车价格为100万元)下降额的12%。
更新车辆的运营补贴标准
对于更新车辆的运营补贴标准，深圳巴士集团定额内补贴为24.42万元/辆/年，深圳东部公交为22.91万元/辆/年，深圳西部公交为23.79万元/辆/年。
此外，新能源公交车单车年度运营考核里程为6万公里，实际运营里程达到或超过6万公里可获得全额补贴，如未达到6万公里则按照每公里7.5元(单车年度补贴额45万元÷6万公里)进行扣减。为保障公交特许经营企业运营新能源公交车的固定成本开支，单车补贴的年度最大扣减额度为15.7万元。
