2016年1月1日，深航将开通深圳首条往返日本东京的国际航线航班，将进一步覆盖深圳与日本主要城市的航线网络。深航推出特惠机票，提前14天可以买到1700元(不含税费)往返的特价机票。
深航此次开通的深圳到东京成田直飞航班，机型为波音737-800型，设有8个公务舱和153个经济舱。
班期每天1班，去程ZH9065航班，深圳出港15点40分，日本当地时间20点50分抵达东京;返程ZH9066航班，当地时间早上8点50分东京起飞，北京时间13点返回深圳。
此前由于深圳东京没有直飞航班，市民需要从香港乘机成行，路途波折且将耗费一天时间，而此次深航东京航线开通后从深圳到东京仅需4小时10分钟即可抵达。
深航今年优化日本航线的行李规则，由记重制改为计件制。
乘坐深航经济舱可以免费托运两件行李最多46公斤，乘坐公务舱可以免费托运两件行李64公斤。对于赴日游客“扫货”或携带行李更加方便。
深航2015年开通多条国际航线，加快国际化步伐。目前深航在深圳可直飞大阪、新加坡、首尔、曼谷、普吉岛、台北6个国际和地区城市，加上即将开通的东京，在深圳的国际航线网络覆盖东南亚和日韩主要城市和旅游地。
如今深航深圳直飞国际的航班有每周7班大阪(3班经停，4班直飞)、12班首尔、7班新加坡、7班普吉岛，8班台北、21班曼谷，高密度和频次航班保障了市民的出行需求。
