深圳海关直属中华人民共和国海关总署领导,并受广东分署的监督指导,总部位于深圳市,其业务管辖区域包括深圳市及惠州市。目前全关共有干部员工5800余人,设有48个处级以上机构,其中内设机构21个,隶属机构18个,派驻机构5个,其他机构4个。海、陆、空监管业务齐全。
深圳海关的职能是:依法对经深圳口岸进出境的货物、运输工具、行李邮递物品等进行监管;征收关税和其它法定由海关征收的税费;查缉走私;开展贸易统计并办理其他海关业务。
目前,深圳海关旅检业务占全国55%,加工贸易监管占全国1/5,快件监管业务占全国1/3,税收征管约占全国9%,运输工具监管约占全国70%。
深圳海关下属的海关有:深圳同乐海关,深圳沙湾海关,深圳南头海关,深圳布吉海 , 深圳福田保税区海关,深圳机场海关,深圳梅林海关,深圳笋岗海关,深圳大鹏海关,深圳蛇口海关,深圳沙头角海关,深圳湾海关,深圳福田海关,深圳罗湖海关,深圳文锦渡海关,深圳大铲湾海关,惠州海关,惠州港海关,惠东海关,现场业务一处,驻经济特区办事处,驻出口加工区办事处,驻邮局办事处,驻三门岛办事处。