即将启用的电子通行证，内存有数字化的个人资料和指纹信息，群众申领和使用证件将更为便捷，可以使用口岸自助查验通道实现自助通关。此外，成人电子往来港澳通行证的有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证。
申请人需留指纹
新证将对16周岁以上(含)的申请人采集或核验指纹，未满16周岁者可以不采集，如有经常往来港澳需求的，可以在监护人的要求下采集指纹。
此外，成人电子往来港澳通行证有效期延长为10年，对未满16周岁的仍签发5年有效通行证，新证的收费标准和申请条件仍不变。
可用自助查验通道
内地口岸边检机关对7周岁以上(含)、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行。但对于从同时通航港澳的空港、海港口岸出境的，暂时无法提供自助通关服务;赴港澳旅游团队仍需按现行规定经由人工检查通道出境。
指纹安全有保障
由于新版通行证要采集持证人的指纹信息，为保证指纹信息安全，公安部出入境管理局与香港出入境事务处和澳门治安警察局、保安部队事务局签署了指纹信息应用合作文件，港澳相关单位承诺将不会存储证件中的指纹模板信息，不会将其用作口岸出入境查验之外的其他用途，不会向任何第三方提供。
签注使用可查询
内地公安机关出入境管理部门将向持证人提供电子往来港澳通行证签注剩余次数的查询服务，并可为持证人打印提示条。港澳地区主管部门将在其总部及部分口岸(主要是海港码头口岸)设置自助咨询台，为持证人本人提供查询签注信息服务，相关信息通过计算机屏幕显示，不提供打印的提示条。
二维码读取签注信息
证件背面，还有一个二维码，供管理部门在必要情况下使用。例如，在口岸查验时，如证件芯片损坏，可以通过二维码来读取签证信息进行验放。
